Pada 2002 setelah Parti Buruh Israel meninggalkan kekuasaan dan mengosongkan jabatan Menlu, Perdana Menteri Ariel Sharon mengangkat Netanyahu sebagai Menteri Kewangan. Netanyahu meragukan Sharon pada kepemimpinan dalam parti Likud tetapi gagal memecat Sharon. Setelah pemilihan 2003, Netanyahu menerima jabatan Menteri Kewangan dalam koalisi terbaru bentukan Sharon. Netanyahu tidak sekarang mendukung konsep negara Palestin di masa depan, walaupun pada 2 kesempatan pada tahun 2001, ia menunjukkan keinginannya mempertimbangkan gagasan “Komite Sentral Likud Menolak Negara Palestina” (Haaretz Daily, 13 Mei 2002).

Sebagai Menteri Kewangan, Netanyahu menjalankan rencana ekonomi yang hebat untuk memperbaiki ekonomi Israel dari keterpurukannya selama Intifadah al Aqsa. Rencana itu meliputi langkah terhadap pasar bebas, walau telah dilihat banyak lawannya kontroversial.

Pada 7 Ogos 2005, Netanyahu mengundurkan diri sebagai Menteri Kewangan dalam protes terhadap rencana penarikan Israel dari Jalur Gaza dan digantikan oleh Ehud Olmert.

Menyusul penarikan Ariel Sharon dari Likud, Netanyahu merupakan salah seorang calon yang mengincar jabatan kepemimpinan. Percubaan terbarunya sebelum ini ialah pada September 2005 pada waktu itu ia mencuba memegang lebih awal untuk kedudukan ketua Parti Likud position, sedangkan parti ini masih berkuasa dalam kancah perpolitikan Israel- lalu secara efektif mendepak Ariel Sharon dari jabatannya. Parti ini menolak usul itu. Netanyahu mengambil kembali kepemimpinan pada 20 Disember dengan pungutan 47% suara.